Las primeras referencias de población se remontan al siglo III antes de Cristo, a tenor de los hallazgos arqueológicos descubiertos en la Fuente de La Pinilla, pero la historia de Fuente Álamo es la lucha de sus habitantes para lograr la independencia administrativa, y las posteriores represalías de los concejos de Murcia, Cartagena y Lorca.

Aquellos pastores trashumantes que buscaron cobijo alrededor de una rambla donde se alzaba un álamo y fluía un manantial, solicitaron en 1634 a Felipe IV la declaración de villa pero el expediente fue retenido por los citados municipios que veían mermados sus territorios.

Carlos II firmó la Real Cédula el 5 de julio de 1700, confirmando el título de villa y quince días después se constituyó el Ayuntamiento, regido por Gregorio Reyllo Fernández.

El término se formó con nueve leguas del municipio de Lorca, seis del de Murcia y cuatro de Cartagena, pero el litigo planteado por estos provocó la anulación del derecho otorgado dos años antes. El desánimo cundió en los escasos pobladores que se diseminaron por el campo. La Constitución de 1812 dio paso a la esperanza y, ocho años más tarde, la villa recobraba su independencia. La condición agrícola y ganadera de sus moradores que obliga a la dispersión, queda de manifiesto a mediados del siglo XVIII por la existencia de una docena de ermitas.

El nuevo municipio vivió años de prosperidad. En 1839 se crea el mercado de ganados, en 1844 se construye el ayuntamiento y en 1872 se instala en el mismo edificio el Juzgado. En 1966 se concedió a la villa el título de Muy Noble y Muy Leal por la generosa acogida dispensada a los prisioneros supervivientes del vapor 'Castillo de Olite', hundido en Cartagena en 1939.